مشکل در include کردن php

سلام خدمت همه دوستان گلم

چنتا سوال در مورد اینکلود داشتم
1- ایا میشه لیک فایل های css یا js هم اینکلد کرد تو قسمت تگ هد یا نه؟ مشکل خاصی نداره؟
2- وقتی اینکلود میکنم داخل روت همون پوشه پروژه مشکلی تو کد ها پیش نمیاد مثلا فقط اسم فایل میدم بهش index.php
ولی وقتی این رو داخل ی پوشه میزارم و ب این صورت اینکلود میکنم کدهام کار نمیکنن نه css ن js مثلا اینطوری: include/index.php تو ی پوشه میزارم اون فایل ها رو
چرا همچین مشکلی پیش میاد؟
من سایتم دو بخش ، یکی قسمت پنل کاربریکی مدیریت
قسمت مدیریت اونطوری مشکل نداره و قسمت پنل کاربر وقتی همه چیزش رو ب اون شکل ادمین در میارم کدهام نمایش داده نمیشه
طرز ساخت پوشه بندی برا پروژه چجوریه ی راهنمایی میکنین؟
هنوز قسمت php کار نشده فقط فرانت اند ، میخام پوشه بندی مرتب کنم ک با php کار بکنم ولی نمیشه