PDO در واقع یک راه ارتباطی php با database هست که به شما کمک میکنه کوری هاتونو به صورت امن با دیتابیسی مانند mysql اجرا کنید و با اون در ارتباط باشید . پس مقایسه این دو مورد صحیح نیست.
در جواب شما عرض شود که استفاده از PDO توصیه می شود زیرا جدیدترین رابط دیتابیس برای php می باشد و استفاده از آن امن است
شاید پاسخ شما همینجا باشد