مشکل در ورژنینگ

سلام
مشکلی که من در بحث semantic versioning دارم این که در شرایطی که ساختار فایل و فولدر و ساختار کد ها کلا عوض شود اما هیچ تغییری در نحوه استفاده و فراخوانی توابع و کلاس ها ی برنامه رخ ندهد برای ورژنینگ باید چیکار کنیم
مثلا ورژن نرم افزار در نسخه 2.0.0 است